Ā ā Ī ī Ū ū ṛ ṃ ḥ ñ ṭ ḍ ṇ Ś ś ṣ
У меня тоже видно большинство квадратиков. Я скопировал текст в Ворд, поменял шрифт на Arial Unicode MS и все буквы стали видны.
Я сделал то же самое на Code2000 и все буквы уже видны в Ворде. Значит проблема в IE6.
А на FireFox-е как отображается диакритика и деванагари?